Struktura e Programit nuk krahasohet me programet e ndonjë radioje tjetër. Kjo nuk ka të bëjë me specializimin, por programi i Radio Marisë sipas zgjedhjes është i tillë. Programi i saj nuk është as informativ dhe as argëtues,  përkundrazi është program formues. Kësaj duhet shtuar, se shtyllën kryesore të programit të Radio Marisë e bën lutja. 

Ja ndarja e emisioneve te Radio Marisë:
-Programi i Lutjeve (Mesha e shenjtë, Liturgjia e orëve, Rruzarja, Lutje të tjera).
-Katekeza (në kuptim të ngushtë, pak a shumë përpunimi i vazhdueshëm i temave të katekizmit të Kishës Katolike) dhe mësimi i tjetër i Kishës katolike.
-Mësimi shoqëror (temat nga mësimi social i Kishës në lëmin human dhe kulturor, si edhe temat shoqërore qe kanë domethënie për këtë të fundit, edukimi për përgjegjësi politike të pjekur).
-Programi informativ (Lajmet themelore nga jeta shoqërore dhe e Kishës).
-Programi argëtues muzikor .
-Programi për të rinj.
-Programi për fëmijë.